1、分子從液相主體向蒸發表面擴散

    通常，液相中的擴散速度是控制短程分子蒸餾速度的主要因素，蒸餾設備所以應盡量減薄液層厚度及強化液層的流動。

    2、分子在液層表面上的自由蒸發

    蒸發速度隨著溫度的升高而上升，但分離因素有時卻隨著溫度的升高而降低，所以，短程分子蒸餾設備應以被加工物質的熱穩定性為前提，選擇經濟合理的蒸餾溫度。

    3、分子從蒸發表面向冷凝面飛射

    蒸氣分子從蒸發面向冷凝面飛射的過程中，可能彼此相互碰撞，也可能和殘存于兩面之間的空氣分子發生碰撞。由于蒸發分子遠重于空氣分子，且大都具有相同的運動方向，所以它們自身碰撞對飛射方向和蒸發速度影響不大。而殘氣分子在兩面間呈雜亂無章的熱運動狀態，故殘氣分子數目的多少是影響飛射方向和蒸發速度的主要因素。

    4、分子在冷凝面上冷凝

    只要保障冷熱兩面間有充足的溫度差（一般為70~100℃），冷凝表面的形式合理且光滑則認為冷凝步驟可以在一瞬完成，所以選擇合理冷凝器的形式相當重要。